Menurut cerita tutur dari tetua masyarakat, sejarah Desa Benda telah berlangsung setidaknya sejak zaman sebelum Indonesia merdeka yang dibuktikan dengan adanya seorang yang bernama Santayuda sebagai Kepala Desa pertama Desa Benda pada tahun 1912-1923 (Sebutan Kepala Desa menurut versi sekarang) dan dinamakan Desa Benda konon ceritanya dulunya ada sebuah pohon besar yang namanya Pohon Benda. Dari situlah maka hingga sekarang dinamakan Desa Benda. Kemudian Kepala Pemerintahan Desa Benda diteruskan oleh Naya Wijaya sebagai Kepala Desa ke-2, dan H Damin sebagai Kepala Desa ke-3, H Zazuli ke-4, KH Zaruki sebagai Kepala Desa ke05 dari tahun 1943-1948.

Setelah Indonesia merdeka pada tahun 1945, Desa Benda dipecah menjadi 3 bagian, yaitu bagian atas terdiri dari Dk Benda 1 dan Dk Benda 2; bagian tengah terdiri dari Dk.Karang Tengah dan Dk Karang Mulya (dulunya disebut Dk Kerampoh) dan Dk Kratagan; bagian barat terdiri dari Dk Bulakwungu, Dk Jetak dan Dk Kalisalak. Pada masa itu sebagai Kepala Desa Benda masih dijabat oleh KH Zaruki hingga sampai dengan tahun 1948. Kemudian pada tahun 1949, jabatan Kepala Desa Benda diteruskan oleh KH Ali Asy’ari hingga tahun 1961 dan diteruskan oleh generasi berikutnya yaitu H Moch Nur Salim sebagai Kepala Desa Benda dengan masa jabatan kurang lebih hingga tahun 1988. Setelah H Moch Nur Salim berhenti menjabat, terjadi masa transisi kepemimpinan. Pada masa transisi kepemimpinan itu, jabatan Kepala Desa Benda dijabat oleh seorang Pj (Penjabat) Kepala Desa yakni Mahin Sumarno, selama 6 (enam) bulan. Dan pada masa itu diselenggarakan Pemilihan Kepala Desa. Dari hasil Pemilihan Kepala Desa, terpilih H Solichin sebagai Kepala Desa Benda terpilih periode 1989-1997. Usai masa jabatan H Solichin habis, estafet kepemimpinan diteruskan oleh H Muhaimin Sanusi dengan masa jabatan 1997-2005. Pada 2006, terjadi masa transisi kepemimpinan kurang lebih selama 1 (satu) tahun, jabatan Kepala Desa Benda dijabat oleh Mahin Sumarno. Kemudian diselenggarakan pemilihan kepala desa dengan H Nahib Shodiq, S.Pd.I sebagai Kepala Desa Benda terpilih periode 2007-2013 dan kembali memenangkan pemilihan kepala desa periode 2013-2019. Usai masa jabatan H.Nahib Shodiq, S.Pd.I berakhir, jabatan Kepala Desa Benda dijabat oleh Pj (Penjabat) Kepala Desa yaitu Toifuddin yakni dari bulan Maret-Juli 2019. Setelah itu diselenggarakan kembali pemilihan kepala desa dengan Baitsul Amri, SH.I sebagai Kepala Desa Benda terpilih periode 2019-2025.

Sumber : RPJMDes Tahun 2020